现在的环境污染是区域性、流域性的，因此新法作出相应调整方式，根据我国开展跨区域污染联防联控的经验，设置了专门条款规范流域水污染和区域大气污染的防治问题、治理农业的面源污染等，引入了“许可管理”和“信用管理”的模式。

新《环境保护法》规定，国家建立跨行政区域的重点区域、流域环境污染和生态破坏联合防治协调机制，实行统一规划、统一标准、统一监测、统一的防治措施；实行排污许可管理的企业事业单位和其他生产经营者应当按照排污许可证的要求排放污染物；未取得排污许可证的，不得排放污染物；县级以上地方人民政府环境保护主管部门和其他负有环境保护监督管理职责的部门，应当将企业事业单位和其他生产经营者的环境违法信息记入社会诚信档案，及时向社会公布违法者名单。

同时，为进一步应对环境污染和生态破坏的严峻形势，新《环保法》又在第二十九条规定，国家在重点生态功能区、生态环境敏感区和脆弱区等区域划定生态保护红线，实行严格保护。

作为保护我国生态资源的重要方式，生态保护红线这一概念自被提出起就受到社会各界的广泛关注。修订后的《环境保护法》首次将生态保护红线写入法律。新法规定，国家在重点生态保护区、生态环境敏感区和脆弱区等区域，划定生态保护红线，实行严格保护。《环境保护法》同时规定，省级以上人民政府应当组织有关部门或者委托专业机构，对环境状况进行调查、评价，建立环境资源承载能力监测预警机制。新法同时也加大了对生态保护地区的财政转移支付力度，法律中涉及到地方人民政府需落实生态保护的补偿资金，确保其用于生态保护补偿。